中世紀素描
為了要擺脫世俗權力(皇家)及社區政府的控制外，大學還受到教會及地區社會的壓力。主教認為大學的文人屬神職界，自然是由主教管轄。真正管事的是主教委派的代表，到十二世紀開始稱之為大學訓導長(Chancelier)。但大學訓導長的權力逐漸被削弱，因修道院亦店學校領導地位，但地區主教認為文化是有關信仰的範圍，主教控制教育是有理據的。
1213年，大學訓導長已失去頒學士證書(即證書執業資格)的權力，因權力落到大學教師手中。1219年當方濟各會及道明我會進入大學執教，大學訓導長嘗試阻攔，但不成功，自那年代起，大學訓導長連當大學頭頭也不能了！
在牛津，遠在120英哩外的林肯區主教，通過他委任的大學訓導長主理校政，Oseney及S. Frideswide兩修道院訓導長長只拿名譽長名銜，並無實權。最後，大學訓導長由大學選出，再不是受控於主教了。
意大利的波隆那大學比較複雜。波隆那大學以接授法律為主，教會一直未對它有太大興趣，認為是世俗科學。到 1219年只才有位大六品出任該學校的訓導長一職，但他完全沒有實權，只是主持頒證書一類儀式而。
那麼，大學的靠山在那裡？在教皇，要控神學的發展。1194年，教皇Celestin三世賦予巴黎大學特權，而保證大學享有自主權的，是教宗英諾森三世(Innocent III)及異端裁判所的創立者教宗格列高利九世(Gregory IX)，他利用大學反異端。1215年，教皇特使Robert de Courson樞機，頒布大學的正式書寫章程。1231年，格列高利九世譴責巴黎主教對大學漫不經心，同時迫國皇及皇后接納教宗賦予大學的特權，就是有名的Parens Scientiarum，教皇諭旨，一般稱之為大學憲章。
牛津大學也是因為教宗介入才能得到比較大的自主權。英格森三世的教皇特使Nicolas de TusculumⓍ機帶給牛津大學指示。後來的英格森四世為反對英皇享利三世，將牛津大學置於「聖彼德與教皇的庇護下」，訓令倫敦及教士比利主教監督，使大學不受皇家權力的干擾。
波隆那大學的大學訓導長是教宗洪諾三世派去的一名大六品，基本上讓大學自主，放寬名頭頭在大學，主要是保護大學不受地區政府的干預。
明顯地，教會中央認識到那裏些學者的用處，把他們收歸為宗座政策的打前方的一堆，順手將俗世的一群學者也歸入了控制範圍內。
托砵修士會如道明我會及芳濟各會進入大學執教，而該兩修會是直接受教宗領導，自然，大學的成份愈來愈直接受中央的領導了，逐漸取得某程度相對於世俗及當地教會權力的自主性。道明我會的多瑪斯亞奎拿及芳濟各會的聖文德都是巴黎大學讀過書的，牛津則長時期都是芳濟各會的地盤。
教皇插手大學，最明顯是1229年成立的圖魯斯大學(Universite de Toulouse)，明文規定方向，反擊異端。1229年簽訂「巴黎條約」，結束阿爾比派十字軍討伐法國南部清潔派異端。圖魯斯大學為後來的異端裁判所提供一大批判官。
在很長的一段時期，西方的知識分子充當教廷的馬前卒。
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